Axes de recherche   

Bases de données

Construction de bases de données dédiées à la phylogénie des Archaea et Bacteria.
 

Outils bioinformatiques

Webiciels permettant l'interrogation et l'utilisation des bases de données.
 

Autres recherches

Risque microbien lors de vols spatiaux, climats anciens, microbiologie non conventionnelle.

Deux projets phares

BIBI-DB est un ensemble de bases de données hiérarchisées d'un point de vue taxonomiques orientées vers la phylogénie des Archaea et Bactéria. Il permet grace à une interface web le positionnement phylogénétique des séquences nucléiques (orientant vers l'identification). RiboDB est une base de données de protéines ribosomiques des Archaea et Bacteria librement interrogeable via Internet.

Des applications

leBIBI est une application web utilisée mondialement pour identifier des bactéries dans les laboratoires hospitaliers, industriels, environnementaux.
Les bases de données de leBIBI et de RiboDB sont utiles pour classer plus rigoureusement les bactéries et mettre en évidence de nouvelles espèces pathogènes ou non. Leur emploi permet d'expliquer l'évolution du monde microbien. RiboDB doit permettre à moyen terme d'améliorer la qualité du diagnostic des infections.

Ecosystème Scientifique proximal

Céline Brochier

RiboDB team initiator
RiboDB engine algorithms

Frédéric Jauffrit

RiboDB construction engine creator and database set-up

Manolo Gouy

RiboDB
BibiDB construction engine associated API

Guy Perrière

BibiDB

Jean-Philippe Charrier

RiboDB, proteomic side

Damien De Vienne

Automation of phylogenies

Bénédicte Lafay

leBIBI-PPF

Stéphane Delmotte

RiboDB and leBibi server set-up and management

Simon Penel

RiboDB engine management

Christophe Lécuyer

δO18 in ancient and recent biology

Romain Amiot

δO18 in ancient and recent biology

Patrice Chablain

Industrial microbiology

Sylvie Reverchon

WGS with nanopore ONT

Jean-Philippe Rasigade

Antibiotics Resistance-linked genes